За время этой борьбы за независимость произошли важные перемены в соотношении социальных сил внутри Женевы. Патрицианская и клерикальная партия савойской ориентации ("мамелюки") была разгромлена. Значительная часть старых патрицианских семей была изгнана или бежала. Остальные семьи потеряли руководящую политическую роль. На смену им выдвинулись новые слои из купечества и предпринимателей. Как сторонников союзами с протестантскими городскими (eidgenossen) их прозвали "эйдгенотами" (eidguenots). От этого слова произойдет французское "гугеноты". Появились и более радикальные слои, давившие даже на эйдгенотов, которым пришлось сблизиться с остатками патрициата. Уже в 1520г. в Женеве прошла волна иконоборческих погромов, начал распространяться и анабаптизм. Но эта плебейская оппозиция не получила поддержки со стороны окрестного крестьянства. Женевские земли довольно вяло отозвались также и на крестьянскую войну 1525г., хотя ее и поддержали многие кантоны Швейцарии. Это было вызвано и тем обстоятельством, что борьба против Савойского герцога была одновременно и борьбой против сельской округи, где находился оплот враждебных феодально-дворянских кругов (союз "рыцарей ложки"). Равнодушие крестьянства помогло верхушке бюргерской оппозиции одержать победу внутри Женевы. Малый совет перешел в руки богатых купцов, суконщиков, башмачников, меховщиков, портных, трактирщиков, менял, золотых дел мастеров, нотариусов и постепенно присвоил себе всю полноту власти, сконцентрировав в своих руках право суда и помилования, внешние сношения и внутреннюю администрацию. Общее собрание граждан, бывшее оплотом бюргерской оппозиции, было оттеснено на задний план. Малый совет задолго до кальвинистской реформации начинает претендовать даже на некую нравственную диктатуру, присваивая себе функции духовного руководства общиной.
Установление независимости Женевы неизбежно толкало город на принятие реформации, хотя она и была окружена католическими кантонами и странами. Это было необходимо для окончательной победы над женевским епископом, да и влияние протестантского Берна было огромным. Партия союзников епископа была еще сильна и Малый совет смотрел сквозь пальцы на распространение протестантизма. После подавления Лионского восстания 1524г. в город прибыла большая группа французских беженцев, сторонников Реформации. В феврале 1528г. сторонники Реформации во главе с французскими проповедниками Гийомом Фарелем и Фроменом победили на диспуте. Протестантские проповедники появились в Женеве и в 1530г. вместе с бернскими войсками, состоявшими в большинстве своем из лютеран. Почти сразу начались погромы церквей и монастырей. Сторонники реформации хлынули и из других стран. Среди них в 1532г. прибыл Гийом Фарель (1489 - 1565), который уже сыграл немалую роль в ходе реформационного движения во французских кантонах Швейцарии. Он родился в аристократической семье в Гапе (Дофине). В 29 лет отправляется учиться в Парижский университет. Очень долго был, как сам говорил, "более папистом, чем сам папа", но быстро попал под сильное влияние одного из зачинателей реформационного движения во Франции Жака Лефевра д'Этапля (1455 - 1537). В 1520г. принял протестантизм, а в 1523г. был вынужден перебраться в Базель, опасаясь репрессий. Фарель решил сделать Женеву опорным пунктом реформации, сплотил и возглавил протестантскую партию, развернул пропаганду новых идей. Сразу образовался новый серьезный конфликт - между протестантской партией и сторонниками сохранения прежней церкви, которых поддерживал католический Фрейбург. Городской совет был вынужден лавировать между ними. 1532 - 1536гг. Стали временем острых столкновений между католиками и реформаторами. После того, как в 1535г. епископ заключил союз с савойским герцогом Карлом III и возобновилась война за независимость Женевы, причем, в нее грозила вмешаться и Франция, пришлось просить помощи у Берна и, следовательно, пойти снова на реформацию. В 1536г. католицизм был окончательно отменен и многие патрицианские католические семьи эмигрировали. Был подписан "вечный мир" с Берном, который гарантировал независимость Женевы, но и требовал от нее всегда соблюдать религиозное единомыслие с Берном и не заключать без его согласия никаких внешних союзов.
Сложность внутреннего и внешнего положения Женевы не исчезла. Продолжала угрожать Савойя, зависимость от Берна была слишком велика. Эмигранты из разных стран плохо подчинялись женевской олигархии. Народные волнения продолжались, анабаптизм достаточно основательно укрепился в городе. Возник и конфликт между группой Г. Фареля и городским магистратом. Фарель стремился полностью подчинить государства церкви, что привело бы к еще большему усилению влияния Берна. Городской же совет пытался подчинить церковь государству в лице магистрата. Фарель все больше убеждался в своем бессилии и по этой причине очень обрадовался, узнав, что проездом в Женеве остановился Жан Кальвин, уже известный как автор оригинального сочинения "Наставление в христианской вере". Он сделал все возможное, чтобы уговорить его остаться в городе. Вместе с Кальвином он будет участвовать в женевской реформации, разделяя с ним поражения, изгнания и победы.